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Año 2001. Japón ha vivido casi 50 años de total tranquilidad, pero existen avistamientos no confirmados de enormes monstruos, y en los militares existe aún el temor de que Godzilla (derrotado en 1954) pueda reaparecer. Pero las nuevas generaciones parecen haber olvidado la destrucción de la criatura gigante. El Almirante Tachibana se encuentra realizando denodados esfuerzos para montar una fuerza militar preparada para defender al Japon ante un eventual ataque, pero las autoridades desestiman sus reclamos. Mientras tanto su hija Yuri, que es periodista, ha comenzado a recibir visitas por parte de un misterioso anciano, que le advierte que el Japon había montado en su momento una serie de protecciones espirituales que lo han protegido de Godzilla hasta ahora... pero que se están perdiendo y que la aparición de la criatura es inminente. Solo los monstruos protectores Mothra, Baragon y Ghidorah podrán oponerse a Godzilla, que es la encarnación de miles de almas perdidas en la Segunda Guerra Mundial; pero el espíritu de Godzilla es tan poderoso y letal que su sendero de destrucción parece indetenible.